Durch die Auflösung der Sowjetunion und die damit möglich gewordene Selbständigkeit der zentralasiatischen Republiken haben sich die Wasserprobleme verschärft. Die neuen nationalen Entwicklungsstrategien der Staaten führten zu widerstreitenden Nutzungsansprüchen an die Ressource Wasser, die sich in zahlreichen bilateralen Konfliktkonstellationen manifestiert. Wasser ist seit jeher in Trockengebieten ein strategischer Rohstoff wie in anderen Regionen das Erdöl und damit konfliktträchtig. Je knapper dieses Gut ist, desto größer ist die Gefahr kriegerischer Auseinandersetzungen. Es sei darauf hingewiesen, dass Wasserkriege in der Geschichte Mittelasiens keine Seltenheit sind. So sei zum Beispiel an die kriegerischen Auseinandersetzungen zwischen dem Khan von Chiva und den benachbarten Jomutenstämmen um die Nutzung des Amudarja-Wassers 1850 - 1869 erinnert (Moskovskie Novostii No. 18, 1994; S. 8) oder an die wiederkehrenden Auseinandersetzungen um die Nutzung des Serafschan-Wassers zwischen Buchara und Samarkand. Häufig wurden auftretende Konflikte dadurch gelöst, dass man Städte und Oasen durch den Bau eines Staudamms von der Wasserversorgung abschnitt. Dieser Methode bediente sich aus der russische General Kaufmann im Jahre 1868, als er versuchte, Samarkand einzunehmen (vgl. Knobloch 1972, S. 146; Machatschek 1921, S. 278). Die weiterhin zunehmende Verknappung der Wasserressourcen in den Trockengebieten Zentralasien, von der vor allem Turkmenistan, Usbekistan und Xinjiang/VR China betroffen sind, erhöhen die Konfliktträchtigkeit zwischen den Oberanlieger- und Unteranliegerstaaten. Eine Bedrohung durch "Wasser-Kriege" , wie sie vor allem zu Beginn der 90er Jahre prognostiziert wurde, ist jedoch unserer Einschätzung nach derzeit nicht gegeben; gewaltsam ausgetragene Konflikte auf lokaler Ebene sind dagegen nicht auszuschließen und kommen auch vereinzelt vor. Darüber hinaus darf nicht vergessen werden, dass Wasser nicht nur Ursache für Konflikte ist, sondern auch Anlass zur Kooperation sein kann. Im Widerspruch zu weit verbreiteten Annahmen haben zahlreiche Studien in den vergangenen Jahren aufgezeigt, dass geteilte Wasserressourcen im Allgemeinen eher zu einer Kooperation als zu Konflikten führen. Damit jedoch die Wasserverteilung den beteiligten Staaten nicht als "Null-Summen-Spiel" erscheint sondern als "win-win-Situation", müssen entsprechende Rahmenbedingungen geschaffen werden. Eine effektive Kooperation setzt den politischen Willen der Eliten und die Überwindung von gegenseitigem Misstrauen, das die momentanen Beziehungen der zentralasiatischen Staaten untereinander prägt, voraus. Nur so ist eine Akzeptanz für ein regionales integriertes Wassermanagement auf politischer und gesellschaftlicher Ebene zu erreichen.
